Un pôle de données au service des scientifiques produisant, gérant et analysant des données de biodiversité

Accéder au portail de données » Générer de la métadonnée via MetaShARK » Analyser des données via Galaxy-E »

En 2018, le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation a inscrit sur sa feuille de route la création d’une nouvelle infrastructure intitulée Pôle National de données de biodiversité (PNDB). Les missions du PNDB s’inscrivent dans une approche FAIR (Facile à trouver, Accessible, Intéropérable, Réutilisable), et consistent à :

  1. fournir un accès aux jeux de données et de métadonnées, à des services associés et à des produits dérivés des analyses
  2. promouvoir l’animation scientifique pour identifier les lacunes et favoriser l’émergence de dispositifs portés par des communautés d’utilisateurs et producteurs
  3. faciliter le partage des pratiques avec les autres communautés de recherche, favoriser le partage des données et leur réutilisation, s’insérer dans la réflexion de la future infrastructure Système Terre.
  4. favoriser la cohérence avec les efforts nationaux, européens et internationaux relatifs à l’accès et à l’exploitation des données de recherche sur la biodiversité, à la promotion de produits et services.

Le PNDB est porté par le Muséum national d’Histoire naturelle, plus particulièrement par l’UMS 2006 PatriNat, unité MNHN CNRS et OFB. Le projet est en lien étroit avec la FRB et plusieurs de ses institutions fondatrices (OFB, BRGM, CIRAD, CNRS, Ifremer, INERIS, INRA, IRD, IRSTEA, MNHN, Univ. Montpellier).



Portail de données

Accès aux données et métadonnées (produits).

Structuration des données via métadonnées. Toute donnée du PNDB doit avoir un minimum de métadonnées associées

Choix d’un standard pivot existant unique : l’EML (Ecological Metadata Language). Il permet de décrire finement toute donnée de recherche en écologie. EML vient de KNB/NCEAS + LTER. EML influencé par les standards FGDC et ISO19115.

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MetaShark

MetaShARK (MetadataShiny Automated Resources and Knowledge) is a tool designed for ecology data description tasks. The tool relies on ecology metadata standards, and mainly the Ecological Metadata Language.

Its vocation is to allow any ecologist to fill in metadata for its dataset to permit the understanding, resusability and reproducibility of his work. But as metadata is becoming more and more complex, this tool is trying to get as user-friendly as possible.

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Galaxy-E

Galaxy-E est l'initiative Galaxy orientée vers la mise à disposition d'outils d'anlayse et couplage de données de biodiversité. Piloté par le PNDB, une instance européenne est accessible sur l'infrastructure Elixir usegalaxy.eu https://ecology.usegalaxy.eu/ 

Aller sur l'instance européenne Galaxy-E »