Présentation des Outils & Services
En tant que pôle de données et de services de l'infrastructure de recherche Data Terra, les missions du PNDB s’inscrivent dans une approche FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable), et consistent à :
- fournir un accès aux jeux de données et de métadonnées, à des services associés et à des produits dérivés des analyses ;
- promouvoir l’animation scientifique pour identifier les lacunes en termes d'accompagnement à l'ouverture et à la réutilisation des données, et favoriser les complémentarités entre les communautés productrices et utilisatrices des données. ;
- faciliter le partage des pratiques avec les autres communautés de recherche, favoriser le partage des données et leur réutilisation
- favoriser la cohérence avec les efforts nationaux, européens et internationaux relatifs à l’accès et à l’exploitation des données de recherche sur la biodiversité, à la promotion de produits et services.
Le PNDB structure ses outils & services selon trois grands axes qui sont « comprendre les données et métadonnées », « les partager », et « les utiliser ».
Il offre des services tout au long du cycle de la donnée allant de l’élaboration des plans de gestion de données à l’analyse de ces dernières via la production d’indicateurs, en passant par la publication de Data Paper
En tant que centre de référence thématique (Recherche Data Gouv), le PNDB contribue à favoriser l'appropriation des principes FAIR (Facile à Trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) et à faire monter en compétence les communautés scientifiques et ce via notamment des formations
Pour aller plus loins :
- Le tryptique "comprendre, partager, utiliser"
- Outils & services selon le cycle de vie des données
- Le PNDB, centre de référence thématique
- Formations
- Ressources en écoinformatique
Le tryptique "comprendre, partager, utiliser"
Le PNDB structure ses outils selon trois grands axes qui sont « comprendre les données et métadonnées », « les partager », et « les utiliser ».
Pour le premier axe comprendre, le PNDB souhaite développer en tant que centre de référence thématique en écoinformatique une entrée (ex. un site web qui représenterait une entrée ludique et didactique : MetaSEED) pour comprendre le monde des données et métadonnées de biodiversité et propose en attendant de se baser sur le site web (cf. partie service) et les tutoriels mis en ligne sur le site du réseau de formation Galaxy.
Pour l’axe partager les données, le PNDB développe actuellement l'outil MetaShARK Ce projet est en lien étroit avec le GBIF France pour la valorisation et la publication de data papers.
Nota Bene : MetaShARK (pour Metadata Shiny Application for Resources and Knowledge) est un outil R&D financé par le Fond National pour la Science Ouverte, dans le cadre du projet OpenMetaPaper . Cet outil n'est pas disponible car actuellement en crash test interne.
Pour l’axe utiliser :
- il y a le catalogue de métadonnées (Metacat) donnant un accès direct aux données référencées et en licence libre (CC-BY 4.0). Ce catalogue permet de présenter des rapports d’évaluation de la qualité des données/métadonnées selon les principes FAIR et de rassembler des ensembles de données dans des sous-portails dédiés.
- un service de plateforme d’analyse en ligne, (Galaxy-Ecology) qui permet de produire d’utiliser directement des outils pour construire des workflows analytiques permettant par exemple de générer des métriques en lien avec des indicateurs de suivi et d’état de la biodiversité en capitalisant notamment sur le concept de variables essentielles de biodiversité.
Accès directs aux outils du PNDB
Outils & services selon le cycle de vie des données
Le plus souvent la durée de vie des données va bien au-delà du projet de recherche à l’origine de la donnée. En effet, les chercheurs à l’origine du projet peuvent vouloir continuer à travailler avec les données après la fin du projet ou l’arrêt du financement du projet de recherche. Et d’autres collègues chercheurs peuvent aussi vouloir ré-utiliser ces données. Par ailleurs, la fonction et la valeur des données ne sont pas les mêmes au début et à la fin d’un projet de recherche et donc changent d’une phase à une autre durant leur cycle de vie. Cette notion de cycle de vie des données de la recherche est importante. Elle permet d’anticiper toutes les étapes essentielles de la gestion de ses données. Le cycle de vie des données comporte globalement 5 ou 6 étapes1,2. A chaque étape du cycle de vie des données, différentes actions sont nécessaires pour une gestion adéquate et sont représentées sur le schéma du cycle de vie. [Source, Université Paris-Saclay]
ORGANISATION COLLECTE TRAITEMENT PRESERVATION PARTAGE REUTILISATION
=> Le PNDB propose des services de in-formations, d’accompagnement et de facilitation autour de la compréhension, du partage et de l’analyse des données de biodiversité à destination des communautés scientifiques. Il offre des services tout au long du cycle de la donnée allant de l’élaboration des plans de gestion de données à l’analyse de ces dernières via la production d’indicateurs, en passant par la publication de Data Paper et ce via la prise en compte des principes FAIR
Le PNDB, centre de référence thématique
En tant que centre de référence thématique de Recherche Data Gouv du système Terre-Environnement (avec Data Terra), le PNDB contribue à favoriser l'appropriation des principes FAIR (Facile à Trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) et à faire monter en compétence les communautés scientifiques concernées autour de la science ouverte et stimule les interactions entre producteurs et utilisateurs de données au travers de formations, ateliers, workshops, séminaires, facilitation de projets, articles & synthèses… et ce en lien avec les acteurs en écoinformatique (GBIF France, SIB, CESAB, etc...)
Pour rappel, les missions des centres de références thématiques sont :
- Définir les normes internationales de description des données de leur domaine thématique
- Définir les normes internationales de diffusion des données (ouverture, période d’embargo, accès restreint) de leur domaine thématique
- Définir et diffuser les bonnes pratiques de collecte, documentation, traitement, et diffusion des données de leur domaine thématique
- Définir la liste des entrepôts de données de référence de leur domaine thématique (nationaux et/ou internationaux) vers lesquels orienter les chercheurs pour le dépôt des données et que Recherche Data Gouv moissonnera
- Contribuer à la définition de l’arborescence thématiques des données de l’entrepôt Recherche Data Gouv
- Soutenir l’articulation entre les dispositifs thématiques spécialisés et Recherche Data Gouv
- Soutenir l’inscription dans l’écosystème international
[Pour en savoir plus sur les centres de références thématiques]
Formations
Le PNDB propose des services d’accompagnement et de facilitation autour de la compréhension, du partage et de l’utilisation des données de biodiversité à destination des communautés scientifiques. Il offre des services tout au long du cycle de la donnée allant de l’élaboration des plans de gestion de données à l’analyse de ces dernières via la production d’indicateurs, en passant par la publication de Data Paper; et ce, en complémentarité aux outils & services existants des autres systèmes d'informations.
De plus, en tant que centre de référence thématique de Recherche Data Gouv du système Terre-Environnement (avec Data Terra), le PNDB contribue à favoriser l'appropriation des principes FAIR (Facile à Trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) et à faire monter en compétence les communautés scientifiques concernées autour de la science ouverte et stimule les interactions entre producteurs et utilisateurs de données au travers de formations, ateliers, workshops, séminaires, facilitation de projets, articles & synthèses… et ce en lien avec les acteurs en écoinformatique (GBIF France, SIB, CESAB, etc...)
=> [Voir les formations] & pour toutes demandes : [contact.pndb] at [mnhn.fr] ou formulaire
Ces in-formations peuvent se faire sous forme de wébinaires et/ou en présentiel
Ressources en écoinformatique
Ci-dessous une liste de ressources (supports de formations, lien vers des école d'été, accompagnement pour des outils, etc...). Cette liste est non exhaustive (V1) et si vous désirez compléter/améliorer cette dernière, merci de nous contacter à contact.pndb(at)mnhn.fr