Agenda

• Printemps de la donnée 2023
• Tour de France d'informations/formations sur le PNDB
• European Galaxy Days [3-7 oct. 2022]
• Congrès TDWG [17-21 octobre 2022]
  • Kesaco le TDWG ?
  • Congrès annuel 2022
• les journées écoinfoFAIR 2022
• Congrès conjoint SFE²-GfO-EEF [21-25 novembre 2022]
  • Kesaco la SFE² ?
  • Congrès conjoint annuel 2022

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Printemps de la donnée - 2023

La seconde édition du Printemps de la donnée se déroulera du 22 mai au 20 juin 2023.

C'est un mois d'événements (ateliers, conférences, webinaires, hackathons, ...) à destination des producteurs et utilisateurs des {méta}données avec un focus sur les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable et Réutilisable) et la Science Ouverte.

 

Participer au Printemps de la donnée permettra de :
- Rendre plus visibles les actions et acteurs locaux qui travaillent sur la donnée.  
- Favoriser des regards et des retours d’expérience croisés
- Capitaliser sur les ressources mobilisées et/ou produites
- Créer une émulation nationale autour de l’évènement

Pour cette seconde édition le PNDB est fier de faire parti du Comité d'Organisation aux côtés de l'INRAE, l'Université de Haute-Alsace, l'Université de Strasbourg,l' Université Grenoble Alpes, l'INSA Strasbourg, l'Université de Lille, et AgroParisTech

N’hésitez pas à proposer vos événements via le formulaire suivant : http://printempsdeladonnee.fr/contribuer/proposer-un-evenement

Retrouvez dans le calendrier 2023, toutes les manifestations déjà programmées et sur la chaine Canal-U « Printemps de la donnée » les manifestations de l’édition précédente.

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Tour de France d'informations/formations sur le PNDB

Dans le cadre des actions d'animations et de communication du PNDB, nous avons commencé depuis fin 2022 un tour de France des partenairess et autres institutions désirant s'informer/se former aux outils et services du PNDB.

Cette présentation est donnée sur un format d'une heure (env. 1/h de présentation + 1/2 h d'échange). Elle peut se faire en visio-conférence ou en présentiel et être suivie d'un atelier/formation sur les outils du PNDB si demandé : [contact.pndb] at [mnhn.fr]  ou formulaire

Calendrier :

Lieux	Dates	liens
AgroParisTech	22/06/2023	- lien visio à venir
Institut de Recherche pour le Développement	20/04/2023	- lien visio à venir
Muséum National d'Histoire Naturelle	12/04/2023	- Lien visio-conférence / code secret : 204574 - lien de présentation du séminaire
Université de Rennes	07/04/2023
Université de Grenoble-Alpes	02/02/2023	- Observatoire de l'Univers de Grenoble - OSUG
Sorbonne Université	13/01/2023	- lien visio-conférence / code secret : 109319
Université Paris-Saclay	15/11/2022	- visio-conférence - graduate school Biosphera

 

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European Galaxy Days [3-7 octobre 2022]

Cette année, les journées européennes de la communauté Galaxy ont lieu à Friburg du 4 au 7 octobre 2022.

Le PNDB y participe via deux présentations :

• Yvan Le Bras : Galaxy-E: Ecological data analysis, citizen science and biodiversity indicators production!
• Marie Jossé : From raw data to biodiversity indicators

[Pour en savoir plus sur le congrès]

[Pour en savoir plus sur Galaxy-Ecology]

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Congrès du TDWG 2022  [17-21 octobre 2022]

Kesaco le TDWG ?

Historiquement connu sous le nom de Groupe de travail sur les bases de données taxonomiques, le Biodiversity Information Standards (TDWG) est  aujourd'hui une association scientifique et éducative à but non lucratif créée pour établir une collaboration internationale entre les créateurs, les gestionnaires et les utilisateurs d'informations sur la biodiversité et pour promouvoir une diffusion et partage efficaces des connaissances sur le patrimoine mondial d'organismes biologiques.

Pour atteindre ses objectifs, le TDWG :

• élabore, ratifie et promeut des normes et des lignes directrices pour l'enregistrement et l'échange de données sur les organismes;
• agit comme un forum pour discuter de tous les aspects de la gestion de l'information sur la biodiversité par le biais de réunions, de discussions en ligne et de publications.

Congrès édition 2022

Cette année le congrès annuel s epasse en mode hybride (présentiel et visio) à Sofia en Bulgarie du 17 au 21 octobre.

L'éditon 2022 est organisé par :

• Pensoft,
• National Museum of Natural History, Bulgarian Academy of Sciences, and
• Institute of Biodiversity and Ecosystem Research, Bulgarian Academy of Sciences,

Le PNDB y sera et y présentera ses derniers travaux & outils pour la compréhension, le partage et l'utilisation des {méta}données de biodiversité. Toutes les présentations sont publiées via le journal Biodiversity Information Science and Standard (BISS) de l'éditeur Pensoft.

• Royaux C, Sananikone J, Arnaud E, Norvez O, Ainsa A, Morin S, Pamerlon S, Archambeau A-S, Le Bras Y (2022) French Biodiversity Data Hub: Linking local to global biodiversity through international initiatives and open science clouds. Biodiversity Information Science and Standards 6: e91374. https://doi.org/10.3897/biss.6.91374
• Royaux C, Norvez O, Jossé M, Arnaud E, Sananikone J, Pavoine S, Pelletier D, Mihoub J-B, Le Bras Y (2022) From Biodiversity Observation Networks to Datasets and Workflows Supporting Biodiversity Indicators, a French Biodiversity Observation Network (BON) Essential Biodiversity Variables (EBV) Operationalization Pilot using Galaxy and Ecological Metadata Language. Biodiversity Information Science and Standards 6: e94957. https://doi.org/10.3897/biss.6.94957
• Royaux C, Arnaud E, Sananikone J, Jossé M, Madelin M, Pelletier D, Norvez O, Le Bras Y (2022) Open Science for Better FAIRness: A biodiversity virtual research environment point of view. Biodiversity Information Science and Standards 6: e95110. https://doi.org/10.3897/biss.6.95110
• Sananikone J, Arnaud E, Norvez O, Pamerlon S, Archambeau A-S, Le Bras Y (2022) From Raw Data to Data Standards through Quality Assessment and Semantic Annotation. Biodiversity Information Science and Standards 6: e91205. https://doi.org/10.3897/biss.6.91205

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Les journées écoinfoFAIR 2022

Une action nationale ouverte à tous, de type atelier de travail / "collaboration fest" autour du développement logiciel incluant un aspect formations introductives et dédiée aux communautés en écologie.

[Pour en savoir plus sur les journées écoinfoFAIR]

 

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Congrès conjoint SFE²-GfO-EEF

Kesaco la SFE² ?

La SFE² est une association loi 1901, reconnue d’utilité publique et membre de l’European Ecological Federation et d’INTECOL. 

Elle a pour objectif de faire rayonner les sciences de l’écologie et de l’évolution en France en promouvant le développement, l’intégration et le partage des connaissances sous tous ses aspects. Elle représente l’ensemble de la communauté des écologues et évolutionnistes français et établit des actions communes avec les autres sociétés et associations pour que s’ouvre un vrai dialogue entre savoirs, impliquant scientifiques, gestionnaires, et usagers.

Congrès conjoint annuel 2022

Du 21 au 25 novembre à Metz (France) aura lieu le congrès de la Société française d'Ecologie et d'Evolution en lien avec les sociétés allemandes et européennes.

[Pour en savoir plus sur le congrès]

Le PNDB y sera et présentera :

• un poster : The French biodiversity data Hub (PNDB), a virtual biodiversity data infrastrucutre for and by researchers (cf. poster en version française).

  • Présentateur : Olivier Norvez

  • Co-auteurs : Anne-Sophie Archambeau (IRD), Elie Arnaud (MNHN), Cécile Bernard (MNHN), Thomas Bouix (OFB), Aurélie Delavaud¹, Dominique Joly⁵, Chloé Martin⁵, Thomas Milon (OFB), Sandrine Pavoine (MNHN), Laurent Poncet (MNHN), Coline Royaux (MNHN et Sorbonne Université), Julien Sananikone (MNHN), Jean-Denis Vigne (MNHN), & Yvan Le Bras (MNHN)

• un workshop : From raw biodiversity data to operational indicators through Essential Biodiversity Variables (cf. lien du congrès)

  • Résumé : Because data integration with different ecological scales in biodiversity science is complex, the biodiversity community (scientists, policy makers, managers, citizen, NGOs) needs to build, a framework of harmonized and interoperable data from raw, heterogeneous and scattered datasets, in order to observe, measure and understand the spatio-temporal dynamic of biodiversity from local to global scale. One of the most relevant approaches to reach that aim is the concept of Essential Biodiversity Variables (EBV). Because we can potentially extract a lot of information from raw datasets sampled at different ecological scales, the EBV concept represent a useful leverage for identifying appropriate data to be collated as well as associated analytical workflow for processing these data. Thanks to FAIR data and source code implementation (Findable, Accessible, Interopability, Reusable), it is possible to make transparent assessment of biodiversity by generating operational indicators through the EBV framework, and help designing or improving biodiversity monitoring at various scales. 

    Based on the EBV, the French biodiversity data hub (“Pôle National de Données de Biodiversité” - PNDB ), is an e-infrastructure for and by researchers developing an integrated framework for 1) extracting EBV information from raw data using Ecological Metadata Language , (EML), 2) running reproducible ecological analysis through open-access workflows, and 3) producing biodiversity indicators for research, expertise and policy makers thanks to the Galaxy-Ecology collaborative platform .

    In line with both the GO FAIR initiative and the GEO BON network , the PNDB is proposing a case study to focus on i) advancing conceptual developments related to EBV, such as the complementarities between EBVs and Pressure-State-Response frameworks (e.g. DPsIR) or the improvement of the research/expertise interface, ii) implementing EBVs for and with various communities (scientific research, expertise and policy makers), and iii) operationalizing EBV based on existing technologies (EML, Galaxy-Ecology). All of this will benefit various communities of biodiversity scientists.

  • Présentateurs : Olivier Norvez (FRB & MNHN) Sandrine Pavoine (MNHN),

  • Co-auteurs : Coline Royaux (Sorbonne Université & MNHN), Jean-Baptiste Mihoub (Sorbonne Université), Dominique Pelletier (Ifremer), Aurélie Delavaud (FRB) & Yvan Le Bras (MNHN)

• Une présentation : Research in artificial intelligence in the field of marine biodiversity : An unprecedented international scientific challenge

  • Résumé : The AI-Biodiv challenge aims to predict changes in biodiversity and develop reliable indicators. Given the complexity of interactions between ecosystems and the heterogeneity of data, current indicators remain limited in predicting changes in biodiversity, particularly in the marine environment. Furthermore, data structuring remains one of the major obstacles to knowledge of biodiversity. The main objectives are :

    • optimise AI methods to improve research into marine biodiversity,

    • design innovative prediction models and indicators,

    • develop hybrid AI methods to enhance our knowledge of marine environments

    • and will focus on coastal marine biodiversity in the Mediterranean Sea and the Pacific Ocean.

  • Présentateur : Yvan Le Bras (MNHN)

  • Co-auteurs : Olivier Norvez (FRB-MNHN), Aurélie Delavaud (FRB), Olivier Gallibert (LNE), & Virginie Barbosa (LNE)

[Tous les supports sont disponibles en licence CC-BY 4.0 sur ce dossier partagé]

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