Anciens projets

 

Gallantries (2020-2023)

A la fin du financement, le projet a été labellisé "Good practice"

“Good practice” is the label awarded by Erasmus + National Agency to the projects that have been particularly well managed and can be a source of inspiration for others.The evaluation is based on three main criteria : (1) The relevance between project results and its objectives; (2) The overall quality of project management and its implementation; (3) The project impacts and results disseminations

Objectifs et missions

Le projet Gallantries vise à accroître les compétences en bioinformatique et en analyse de données de base dans le domaine des sciences de la vie. Afin de fournir ces compétences le plus tôt possible, ce projet se concentre sur les étudiants de niveau master et doctorat. La bioinformatique est un domaine en évolution rapide, et les outils et concepts enseignés dans les programmes de formation diplômants deviennent rapidement obsolètes. Par conséquent, nous allons créer un programme d'études modulaire, composé de modules interdépendants mais indépendants couvrant les derniers développements dans le domaine. Ces modules peuvent être intégrés dans des programmes de master et de doctorat existants, combinés ou individuellement. Ils pourront également être utilisés de manière autonome dans des ateliers pour des chercheurs ayant déjà obtenu leur doctorat à différentes étapes de leur carrière. Cela répond à la forte demande de formation complémentaire des chercheurs en fin de carrière (Via et al. 2019).

[Pour en savoir plus sur le projet]

Partenaires impliqués

Exemples d'implications du PNDB & ressources associées

 

H2020 GAPARS (2016-2019)

Dans le cadre du projet H2020 GAPARS, « using game technologies for a better world », le PNDB et le PIA 65 Millions d’observateurs coordonne une expérimentation innovante « petite échelle » afin de tester 1/ l’utilisation de l’instance européenne Galaxy-E comme espace de « crowdsourcing » et 2/ la mise en place d’une interface utilisateur Galaxy-E simplifiée dédiée à l’enseignement dans le secondaire.

La permier travail a permis la mise en place d'un concept nommé MOODA (Massively Open Online Data Analysis) proposant de toucher un public large, à moindre coût (notamment technique) pour faire analyser des données par la "foule". Pour ce faire, un premier démonstrateur a été développé en partenariat avec les collègues de la team Galaxy Europe, via la création d'un webhook lié à la plateforme d'affectation de tâche MMOS qui permet de distribuer des tâches liées à l'annotation de données SPIPOLL (identifier si un syrphe est mâle ou femelle à partir de photos prises par les "spipolliens") au sein de la plateforme Galaxy Europe (pour voir un exemple, ici une vidéo). Cette fonctionnalité a été mise à disposition au sein de la plateforme Galaxy Europe entre fin janvier et fin septembre 2020, avec plus de 18 000 tâches traitées, soit en moyenne 75 annotations par jour ! Ce webhook est accessible désormais hors Galaxy directement à ce lien https://usegalaxy.eu/gapars-experiment/ et il peut même être diffuser par de multiples canaux comme sous forme d'iframe dans un site lié à la biodiversité ou autre pour ainsi maximiser l'impact des développements.

Le second travail a permis la genèse de Galaxy-Bricks, avec une permière opérationnalisation aujourd'hui utilisée par Vigie-Nature Ecole. Il s'agit ici de proposer, via les développements initiés par NG Phylogeny , une application web avec interface graphique et expérience utilisateur dédiés aux besoins des communautés visées, tout en réutilisant les outils et services proposés par une instance Galaxy existante.

H2020 EOSC Pillar use case (2020-2021)

Dans le cadre du projet H2020 EOSC Pillar INFRAEOSC-05-2018-2019, le PNDB coordonne un cas d’étude pour l’utilisation du cloud Européen pour déployer des services Galaxy-E en lien avec la modélisation de niche