l'équipe du PNDB
Le PNDB se compose d'une équipe opérationnelle à laquelle s'ajoute d'autres personnes dans notre réseau (ex employés, stagiaires, visiting scholar, apprentissage, etc.)
l'équipe opérationnelle
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Coordinateur du PNDB MNHN - AASPE & CNRS Représentant du MNHN, Interface Copil / Comex email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Resp. de la gestion administrative MNHN (PatriNat) Gestion administrative et financière, & conventions de recherche du PNDB email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
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Responsable de la coord. scien. & tech. MNHN (PatriNat) Coordination des projets, suivi et développement des partenariats et beta-testeur des outils email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Doctorante en écologie & écoinformaticienne MNHN-SU (PatriNat & Borea) Développement R et Galaxy-E , workflow analytiques, micro-endémisme, variables essentielles de biodiversité email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Conseillère scientifique MNHN (CESCO) Coordination du Conseil Scientifique et des comités d'experts scientifiques email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
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Développeuse sur projet MNHN (PatriNat) Développement d'outils (MetaShARK) dans le cadre du projet OpenMetaPaper email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Responsable technique MNHN-PatriNat Développements d’outils (Metacat, MetaSnake) email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Développeur.se sur projet MNHN - PatriNat Développement d'outils et gestion des {méta}données dans le cadre du Chalenge IA-Biodiv email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
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Resp. d'animation et de communication FRB & MNHN (PatriNat) Facilitation de projets, formations et communication email : [prenom.nom] at [mnhn.fr]
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Coord. SIB, GBIF, PNDB MNHN - PatriNat Coordination des systèmes d'informations au sein de PatriNat email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Chef.fe de projet opérationnel MNHN - PatriNat Responsable de la mise en oeuvre opérationnelle des outils du PNDB email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] |
Personnes associées au PNDB
Pauline SEGUINEAU
Stagiaire Master 2 bio-informatique, Université Clermont Auvergne (2023)
"Mise en place d'un workflow Galaxy-E pour l'écoregionalisation de la mer Dumont d'Urville".
"L'objectif principal est le développement d'un workflow d'analyse des données d'occurrence d'espèces benthiques et des paramètres abiotiques associés applicable au contexte de la conservation des écosystèmes en Antarctique. Les données utilisées pour le développement de ce workflow ont été produites lors d'une campagne (CEAMARC) réalisée au large de la Terre Adélie. Pour ce faire, j'ai repris des scripts R existants (créés par Alexis Martin). Ces scripts permettent dans un premier temps de caractériser la répartition de chaque taxon avec une méthode de modélisation de distribution des espèces (SDM), ensuite ils permettent la clusterisation des prédictions de la répartition des taxons pour obtenir des clusters qui représentent des écorégions caractérisées par des communautés délimitées par leur préférences écologiques. Enfin les scripts permettent de repésenter ces clusters sur une carte pour obtenir la distribution spatiale des écorégions. L' intégration de ces scripts dans la plateforme Galaxy va permettre une meilleure FAIRisation des données et de la méthode d'analyse de ces données pour à plus long terme renforcer la proposition d'AMP de l'Est-Antarctique auprès de la CCAMLR (ceci dépasse un peu l'enjeu du stage mais ça participe au contexte). Voilà hésite pas si t'as besoin de précisions.
Ce stage est co-encadré par Marc Eleaume et Yvan Le Bras.
email : [prenom.nom] at [etu.uca.fr] / LinkedIn
Elie ARNAUD
Développeur sur projet (2019-2023)
MNHN (PatriNat)
Développement d'outils (MetaShARK) dans le cadre du projet OpenMetaPaper
Marie JOSSE
Stage de fin d'étude, Institut Mines-Télécom Lille-Douai (2022)
"Création d’indicateurs de biodiversité dans le cadre du projet GAIA-Data en développant des Scripts R de traitement de données. Ainsi, à partir de données de télédétection, mettre à disposition un workflow d’outils sur Galaxy-Ecology de calcul de métriques et d’indicateurs de Biodiversité."
email : [prenom.nom] at [mnhn.fr] / LinkedIn
Cyril PRIGENT
Stage de fin d'étude, Institut Solacroup, Dinard (2022)
"Assistance à la mise en place du back-end et de template du site training.pndb.fr"
Elisa MICHON
Stage de Licence 3, Université de Montpellier (2018)
"Analyse de données à partir de la plateforme Galaxy-E"
Fanny DUPONT
Stage de master 2, AgroParisTech (2021)
"Prédiction d'un indice de diversité, focus sur les nombres de Hill"
[Rapport de stage] + [Article du vulgarisation]
Juliette SILHOL
Stage de Licence 3, Sorbonne Université (2021)
"Investigation de la création de métadonnées automatiques à partir de données SIG"
Melvin ANDREAZZA-ROBIN
Stage de master 1, Sorbonne Université (2021)
"Facilitation de l'ingestion, la structuration et la mise à disposition de lots de données de biodiversité à travers le catalogue de données/métadonnées du Pôle National de Données de Biodiversité."