En savoir plus sur Galaxy-Ecology

Le projet Galaxy-E est le fruit de 2 ans de travail initié dans le cade du PIA 65 Millions d’observateurs et de la mission « mise en place d’une plateforme collaborative d’accès et analyse de données issues de projets de sciences participatives » porté par le CESCO, poursuivi dans le cadre du projet H2020 GAPARS et de Vigie-Nature Ecole et les travaux en cours autour des indicateurs via Vigie-nature et l’AFB et aujourd’hui valorisé notamment dans le cadre de l’infrastructure Pôle national de données de biodiversité.
L’existence de briques opérationnelles Galaxy-E est particulièrement du au travail d’Alan Amossé et à l’implication de l’ensemble de l’équipe Vigie-Nature avec une mention particulière pour l’équipe Vigie-chiro et à l’implication de ceux qui font / ont fait partie de l’équipe Galaxy-E, par ordre chronologique d’apparition

• Valentin Chambon (admin-sys / devops ayant déployé la première instance Galaxy-E de production sur environnement Openstack mis à disposition par la plateforme GenOuest),
• Timothée Virgoulay (permier testeur de la création d’outils Galaxy-E durant son stage de M1),
• Eloïse Trigodet (permière testeuse de l’analyse de données sous Galaxy-E durant son stage de L3 et 2 mois de vacation),
• Alan Amossé,
• Elisa Michon (ayant débuté la création de matériel de formation Galaxy-E autour de la modélisation de niche et de l’analyse d’abondance d’espèces durant son stage de L3),
• Clara Urfer (ayant travaillé sur le matériel de formation Galaxy-E autour de la modélisation de niche et de l’analyse d’abondance d’espèces durant son stage de L1) ,
• Simon Bénateau (ingénieur en charge de la déclinaison « scolaire » de Galaxy-E nommée Galaxy-bricks)
• et Benjamin Yguel (ingénieur en charge de la « traduction » de scripts R utilisés pour le calcul d’indicateurs notamment pour le dispositif STOC afin de faciliter leur « galaxysation »).

L’ensemble de ce travail préliminaire réalisé entre 2017 et 2019 a été récompensé en Juillet 2019 lors du lancement de l’instance européenne Galaxy pour l’écologie, accessible à cette adresse : https://ecology.usegalaxy.eu/ . Un premier tutoriel d’utilisation dans le cadre du traitement de données de papillons est accessible sur le site du « Galaxy Training Network » https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/ecology/tutorials/regionalGAM/tutorial.html.

Si vous ne connaissez pas Galaxy, différents supports de formation sont proposés à cette adresse https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/introduction/ .

• En vous rendant sur l‘instance Galaxy-E Européenne maintenue et mise à disposition par les collègues de l’équipe Galaxy de Freiburg. Cette instance présente notamment l’avantage d’être accessible sans authentification préalable, sauf si vous souhaitez utiliser des fonctionnalités avancées comme l’édition/utilisation de workflows ou l’utilisation de plusieurs historiques analytiques
• En vous rendant sur l’instance Galaxy de la plateforme INRIA-IRISA GenOuest accessible uniquement après vous être créé un compte sur la plateforme après renseignement de ce formulaire.
• En accédant à l’instance Galaxy-E de test / développement, limitée en termes de ressources et de fonctionnalités

Vous souhaitez contribuer, au projet Galaxy-E, n’hésitez pas, c’est un projet open-source  et les ressources sont notamment accessibles sur Github :

• Pour les outils en production : https://github.com/galaxyecology/tools-ecology
• Pour les outils même pas encore prêts pour la prod (applications R shiny par exemple) : https://github.com/65MO/Galaxy-E
• Pour le matériel de formation : https://github.com/galaxyproject/training-material/tree/master/topics/ecology/tutorials