Tutoriels PNDB
Nous vous invitons à explorer ces différents tutoriels pour la prise en main d'outils développé par le PNDB et/ou ses partenaires
Outils du PNDB
Formulaire de partage des données - MetaShARK
https://www.youtube.com/watch?v=OVViSMzRGtw
Catalogue de Données/métadonnées
**bientôt disponible**
Plateforme d'analyse Galaxy-Ecology
Tutoriel de découverte
https://www.youtube.com/watch?v=nQcin9O-KSE
EBVs https://www.youtube.com/watch?v=ICJFnJ-0hG0 et https://www.youtube.com/watch?v=M-_9L0hKZFA
Biodiversity Data Exploration
Questions :
- Comment explorer les données de biodiversité ?
- Comment regarder l'homoscédasticité, la normalité ou la colinéarité des données présences-absences ou abondance ?
- Comment comparer la diversité bêta en tenant compte de l'espace, du temps et des composantes d'espèces ?
Objectifs:
- Explorer les données Biodiversité avec des informations taxonomiques, temporelles et géographiques
- Avoir une idée sur la qualité du contenu des données concernant les tests statistiques comme la normalité ou l'homoscédasticité et la couverture comme la couverture temporelle ou géographique
[Pour suivre le tutoriel Biodiversity Data Exploration]
Compute and analyze biodiversity metrics with PAMPA toolsuite
Questions :
- Comment bien évaluer l'état biologique des populations et des communautés avec des données d'abondance?
- Comment évoluent les populations exploitées au chalut de la mer Baltique, de l'Atlantique Sud et de l'Écosse au fil du temps ?
- Comment calculer et analyser des métriques de biodiversité à partir de données d'abondance ?
Objectifs:
- Télécharger des données depuis le portail DATRAS du CIEM
- Pré-traiter les données démographiques avec Galaxy
- Apprendre à utiliser un flux de travail d'analyse écologique des données brutes aux représentations graphiques
- Apprendre à construire un modèle linéaire généralisé (mixte) à partir d'une question écologique couranteApprendre à interpréter un modèle linéaire généralisé (mixte
[Pour suivre le tutoriel : Compute and analyze biodiversity metrics with PAMPA toolsuite]
Metabarcoding/eDNA through Obitools
Questions :
-
comment analyser les données de metabarcoding ADN / eDNA produites sur les séquenceurs Illumina à l'aide des OBITools ?
Objectifs:
- Traiter des données appariées pour créer des séquences consensus
- Nettoyer, filtrer et analyser les données pour obtenir des résultats solides
[Pour suivre le tutoriel : Metabarcoding/eDNA through Obitools]
Autres tutoriels Galagy-Ecology
Rendez-vous sur la page suivante : https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/ecology/
Outils d'autres SI sur la biodiversité
**bientôt disponible**