Actualités
- Le projet Gallantries est fini (2020-2023) et obtient la note "Good Practice"
- Article publié dans Nature in Ecology and Evolution pour le Global Biodiversity Observing System (GBiOS)
- Le projet EBVOSC accepté comme case study
- le GBIF France et le PNDB au CEFE, Montpellier
- All Hands meeting - GEO BON / COP 15
- Les journées écoinfoFAIR 2022
- Recrutement : Animateur.trice du Challenge IA-Biodiv & Data Scientist - Cesab
- Challenge IA-Biodiv : Interview de David Mouillot
- Appel à projets DataShare 2022
- Appel à projets "Atelier de la donnée"
- Lancement de Recherche Data Gouv
- Lancement du Challenge IA Biodiv
- lancement de GAIA Data
Le projet Gallantries est fini (2020-2023) et obtient la note "Good Practice"
Le projet Gallantries (2020-2023) vient de se terminier et a connu un grand succès. Il s'agissait d'une collaboration entre cinq universités européennes, membres de Software Carpentry et membres du projet Galaxy, dans le but d'accroître les compétences en bioinformatique à travers l'Europe. Au cours du projet, l'équipe du PNDB a développé et proposé 16 formations et workflows FAIR sur l'analyse de la biodiversité via l'instance Galaxy-Ecology.
A la fin du financement, le projet a été labellisé "Good practice"
“Good practice” is the label awarded by Erasmus + National Agency to the projects that have been particularly well managed and can be a source of inspiration for others.The evaluation is based on three main criteria : (1) The relevance between project results and its objectives; (2) The overall quality of project management and its implementation; (3) The project impacts and results disseminations
[Découvrir Gallantries] [Site web d'Erasmus +]
Article publié dans Nature in Ecology and Evolution pour le Global Biodiversity Observing System (GBiOS)
Un important travail (plus de 70 co-auteurs dont Yvan Le Bras, responsable de la coordination technique et scientifique du PNDB et Tim Hirsh, directeur adjoint du GBIF Secretariat et Melodie McGeoch, 1st vice-chair du Science Committee GBIF) vient d'être publié dans Nature in Ecology and Evolution sous forme de "commentaire" dans le cadre des travaux GEO BON - et en lien avec la dernière COP et la décision de mettre en place le "Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework (KM-GBF) - pour initier et proposer un suivi de la biodiversité multi-échelles via le projet GBiOS (global biodiversity observing system).
Le PNDB partage avec le Système d'Information sur la Biodiversité - SIB - la représentation française au sein du groupe GEO BON (voir page dédiée du French BON).
Ce travail fait lien avec le projet pilote d'opérationnalisation des variables essentielles de biodiversité - EBVOSC - piloté par le PNDB et récemment accepté comme case study pour le Global Open Science Cloud.
[Lien vers l'article] [lien vers la "press Release" GEO BON]
Le projet EBVOSC accepté comme case study
Le projet pilote d'opérationnalisation des variables essentielles de biodiversité - EBVOSC (Essential Biodiversity Variables Open Science Cloud) vise à démontrer qu'une meilleure mobilisation des jeux de données bruts peuvent facilement générer des EBV et des indicateurs de biodiversité associés grâce à une mise à jour automatisée et régulière. Ce projet vient d'être accepté comme case study pour le Global Open Science Cloud (GOSC) au titre de noeud français - French BON) avec le système d'information sur la biodiversité - SIB - du GEO BON.
le GBIF France et le PNDB au CEFE, Montpellier
Dans le cadre du projet OpenMetaPaper, les équipes du PNDB et du GBIF France sont allées au Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive de Montpellier les 9 et 10 janvier 2023 afin de :
- présenter les outils et services du PNDB et GBIF
- faire un focus sur les data paper
- accompagner la publication de données et métadonnées pour un projet en écologie végétale porté par Eric Garnier, membre du conseil scientifique du PNDB.
[télécharger les présentations]
Le projet OpenMetaPaper est soutenu par le Fond National pour la Science Ouverte (FNSO)
All Hands meeting GEO BON / COP 15
EcoinfoFAIR 2022
Une action nationale ouverte à tous, de type atelier de travail / "collaboration fest" autour du développement logiciel incluant un aspect formations introductives et dédiée aux communautés en écologie.
[Pour en savoir plus sur les journées écoinfoFAIR]
Recrutement : Animateur.trice du Challenge IA-Biodiv & Data Scientist - Cesab
Vous aimez travailler sur des données de biodiversité et l'intelligence artificielle? Une très belle opportunité pour être Data Scientist au Cesab et animateur.trice du Challenge IA-Biodiv
C'est quoi le Cesab ?
Programme phare de la FRB, le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – est un outil original, innovant et reconnu au niveau international qui offre aux chercheurs un lieu et du temps pour contribuer à relever les défis liés à l’érosion de la biodiversité.
C'est quoi le Challenge IA-Biodiv ?
Le challenge IA-Biodiv vise à prédire les évolutions de la biodiversité et à élaborer des indicateurs fiables. Face à la complexité des interactions entre les écosystèmes et à l’hétérogénéité des données, les indicateurs actuels restent limités dans la prédiction des évolutions de la biodiversité, notamment en milieu marin. Par ailleurs, la structuration des données reste l’un des freins majeurs à la connaissance de la biodiversité.
Challenge IA-Biodiv
Dans le cadre du Challenge IA-Biodiv, et à l’occasion des premières campagnes de terrain menées en Méditerranée pour le comptage des bateaux en mer l’ANR a interviewé David Mouillot, Professeur à l’Université de Montpellier au sein de l’UMR MARBEC et coordinateur du projet FISH-PREDICT.
"l’objectif du projet est d’identifier quels facteurs impactent principalement la biodiversité, vue à travers 14 indicateurs que nous élaborerons.
Appel à projets DataShare 2022
- d’accélérer le partage d’ensembles de données en libre accès et à grande échelle sur la biodiversité. Cet appel complète les appels classiques de synthèse sur la biodiversité, qui visent à encourager l’analyse des données existantes et la synthèse d’idées et de concepts, en mettant l’accent sur la compilation et le partage des données.
Appel à projets "Atelier de la donnée"
Dans le cadre de l'initiative Recherche Data Gouv, l’appel à manifestation d’intérêt a pour ambition de :
- Labelliser des dispositifs
- Accompagner dans leur réflexion les établissements pendant les phases de maturation et de préfiguration de leur projet
- Structurer sur le territoire le réseau des ateliers de la donnée
Les ateliers de la donnée ont pour vocation d’être le point d’entrée de proximité à destination des équipes de recherche pour toute question relative à la gestion et à la diffusion des données de la recherche. Pour apporter une aide aux équipes de recherche, les ateliers proposent des services généralistes d’appui aux problématiques de gestion, structuration, partage et ouverture des données de recherche. Ces ateliers n’ont pas vocation à se substituer aux services d’accompagnement (locaux, nationaux ou internationaux) déjà̀ existants dans certains établissements ou dans certains domaines disciplinaires et thématiques.
[Pour en savoir plus sur les ateliers de la donnée]
Lancement de Recherche Data Gouv
Le 8 juillet dernier, l'initiative Recherche Data Gouv a été officiellement lancée en présence de la Ministre de La recherche et de l'Enseignement Supérieur, Sylvie Retailleau. Lors de ce lancement le PNDB avec Data Terra sont devenus "centres de références thématiques" pour le système Terre-Environnement.
Une partie de l'équipe DATA TERRA et Pôle National de Données de Biodiversité était au RDV (de gauche à droite) avec Richard Moreno (directeur technique Data Terra), Frédéric Huynh (Directeur Data Terra et PI GAIA Data), Patrice Henry (directeur d'Aeris), Emilie Ostanciaux (Adjointe à la direction de Form@ter), Michel Diament (Directeur Form@ter), et Olivier Norvez (chargé d'animation du PNDB).
Montage/photos CC-BY-4.0 Ghislaine Abbassi & Emilie Ostanciaux
[Pour en savoir plus sur Recherche Data Gouv]
Lancement du Challenge IA Biodiv
Le 23 février 2022 en présence des membres des équipes sléectionnés a eu lieu le lancement du Challenge IA-Biodiv.
Le challenge IA-Biodiv vise à prédire les évolutions de la biodiversité et à élaborer des indicateurs fiables. Face à la complexité des interactions entre les écosystèmes et à l’hétérogénéité des données, les indicateurs actuels restent limités dans la prédiction des évolutions de la biodiversité, notamment en milieu marin. Par ailleurs, la structuration des données reste l’un des freins majeurs à la connaissance de la biodiversité.
[Pour en savoir plus sur le Challenge IA-Biodiv]
Lancement de GAIA Data
- Data Terra (et ses 4 pôles Aeris, Theia, Odatis, Formater & DINAMIS) pour le système Terre
- Climeri pour le climat,
- et le PNDB pour la biodiversité
Le PNDB est impliqué via son équipe (Yvan Le Bras, Coline Royaux, Elie Arnaud, Julien Sananikone, Olivier Norvez) notamment sur les enjeux de la FAIRisation des {méta}données et des codes source et de l'utilisation de workflow analytiques via des environnements virtuels de recherche (VRE).
